Placé sur la Neretva, entre les hauteurs du Hum et les pentes de la Velez, le site révèle une occupation humaine dès la préhistoire, comme en témoignent les enceintes fortifiées et les nécropoles.
Les Romains, ayant conscience des possibilités stratégiques et commerciales de ce passage, s'y établissent. On retrouve de ce fait les vestiges enfouis de la ville romaine sous la ville actuelle.
A la fin de l'antiquité des basiliques chrétiennes y sont édifiées et cette présence chrétienne sera permanente et active encore au Moyen Âge.
Ce n'est qu'en 1474 que le nom de Mostar apparaît pour la première fois dans un document de 1474 en référence au gardiens du pont, les mostari.
Ce pont antique qui se trouvait sur la route commerciale entre l’Adriatique et les riches régions minières du centre de la Bosnie, permit à la bourgade de s'étendre sur la rive droite de la Neretva et de devenir le siège d’un kadiluk (district avec un juge régional). Elle fut ensuite la première ville du sandjak de l’Herzégovine, avant d'être le centre du gouvernement turc à l'arrivée des Ottomans.
Mostar au XVe siècle se développe lors des quatre siècles suivants, sous la tutelle de l'Empire ottoman. En 1878, Mostar, ainsi que le reste de la Bosnie-Herzégovine, passe sous administration austro-hongroise, puis fait partie, après 1918, du nouveau Royaume des Serbes, des Croates et des Slovènes, la future Yougoslavie.
Au XVe siècle, les archives mentionnent une place forte à l'endroit où l'on passait d'un bord à l'autre de la rivière Neretva
par un pont suspendu.
Ce pont, qui a donné son nom à la ville, Mostar,
("mostar" signifiant le "passeur du pont" à qui il fallait payer le
droit de passage), favorisa le développement du transport et l'essor du
commerce.
Dès 1475,
un premier quartier musulman (dit "mahala"), avec mosquées et bains,
s'établit au bord de la rivière, au nord du lieu de passage. Le noyau
du bourg musulman s'est formé de part et d'autre du pont de pierre
construit sous le gouvernement de Karadjoz-Beg en 1566.
Quand la Bosnie-Herzégovine passe sous administration austro-hongroise1878, après la période ottomane, la ville de Mostar connaît un nouvel essor économique et urbain.
La ville, exceptionnelle par l'ensemble de ses habitations et
monuments réunis dans un urbanisme harmonieux qui s'est développé au
fil des siècles, était célèbre pour sa douceur de vivre.
Jusqu'à
l'époque contemporaine, la ville avait conservé son caractère tout en
étant un lieu de production artisanale et un important centre
d'échanges commerciaux.
Même si, comme partout en Europe, des immeubles souvent hors-échelle y ont été construits pendant les années 1960, dans l'ensemble, la vieille ville avait conservé son cachet médiéval.